W wyborach parlamentarnych w 2005 r. Legutko uzyskał mandat senatora VI kadencji; był wówczas wicemarszałkiem Senatu. Przewodniczy Radzie Fundacji Polsko-Niemieckie Pojednanie.

W sierpniu 2007 r. Legutko został ministrem edukacji w rządzie Jarosława Kaczyńskiego. Zastąpił na tym stanowisku lidera LPR Romana Giertycha. Pozytywnie ocenił pomysł poprzednika wprowadzenie mundurków w szkołach. Podtrzymywał też pomysł PiS utworzenia ośrodków wsparcia wychowawczego dla trudnej młodzieży.

Zaraz po objęciu stanowiska Legutko zmienił kanon lektur szkolnych, który wcześniej próbował zmienić Giertych. Zgodnie z nim uczniowie mieli większość lektur czytać w całości, a nie we fragmentach. "Czytanie w fragmentach to jakiś dziwoląg; krokiem następnym po nim byłoby tylko oglądanie filmów i przeglądanie komiksów" - stwierdził minister. Jak mówił, w kanonie mogą być pozycje trudne dla uczniów, "ale nauka polega m.in. czytaniu i pokonywaniu trudności".

Legutko zmienił także podstawy programowe nauczania matematyki, m.in. przesunął naukę procentów ze szkoły podstawowej do gimnazjum, zamiast tego uczniowie podstawówek poznają bryły obrotowe, które wcześniej były omawiane w gimnazjum. Z programu liceów do gimnazjów trafiło zaś twierdzenie Talesa.

Obie zmiany były bardzo krytykowane przez nauczycieli. Poloniści zwracali uwagę, że liczba tekstów, którą mają przeczytać i omówić uczniowie jest zbyt obszerna, jak na ilość czasu, jaką na to przeznaczono. Matematycy mówili zaś o chaosie, gdyż za zmianami w wymaganych treściach nauczania nie poszła zmiana programów nauczania i podręczników.

Legutko planował również w przyszłości zastąpić ustną maturę z języka polskiego sprawdzianem ze znajomości lektur.

Kontrowersje wzbudziła też m.in. telewizyjna wypowiedź Legutki, że "nie jest entuzjastą pomysłu, żeby religia była liczona do średniej ocen" (taką zmianę wprowadził do systemu edukacji Giertych).

Przewodniczący Rady Episkopatu Polski ds. Środków Społecznego Przekazu abp Sławoj Leszek Głódź tę wypowiedź Legutki ocenił jako nieroztropną i szkodliwą. Jego zdaniem decyzja o nieuwzględnianiu religii w obliczaniu średniej, dyskryminowałaby wierzących różnych wyznań. Również metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz wyraził zdziwienie wypowiedzią ministra. "Nie chcielibyśmy wrócić do czasów walki z religią w szkole" - napisał kardynał w oświadczeniu. Sprawę zamknął kilka dni później komunikat Centrum Informacyjnego Rządu, że stopnie z religii będą wliczane do średniej z ocen.

Ministrem edukacji narodowej w rządzie Jarosława Kaczyńskiego był od sierpnia 2007 r. do listopada 2007 r.

W wyborach parlamentarnych w 2007 r. bez powodzenia kandydował do Senatu.

W grudniu 2007 r. został sekretarzem stanu w Kancelarii Prezydenta Lecha Kaczyńskiego. Funkcję tę pełnił do kwietnia 2009 r.

Prof. Legutko jest autorem kilkunastu książek o tematyce społecznej, filozoficznej oraz politycznej. Jest tłumaczem i komentatorem dzieł Platona.

Był współzałożycielem i wieloletnim prezesem Towarzystwa Edukacyjno-Naukowego Ośrodek Myśli Politycznej. Publikował m.in. "Rzeczpospolitej", "Wprost", "Nowym Państwie" i angielskim "Critical Review". (PAP)

dsr/ pdo/ umw/ par/ bk/