Meisner utrzymywał bliskie kontakty z papieżem Janem Pawłem II. Uważany był za najbardziej wpływowego przedstawiciela konserwatywnego skrzydła Kościoła katolickiego w Niemczech. Krytykował reformy papieża Franciszka.
Meisner został w 1988 roku arcybiskupem metropolitą Kolonii. Przez 25 lat stał na czele najstarszej i najbogatszej diecezji na świecie, liczącej prawie 2,1 miliona wiernych. W 2014 roku odszedł na emeryturę.