Rozliczenie projektu z funduszu europejskiego wymaga ujęcia w księgach rachunkowych wszystkich operacji gospodarczych, także tych, które nie powodują bezpośrednio przepływów pieniężnych. Oznacza to, że jeśli jednostka otrzymała faktury za szkolenie, których sama nie opłaciła, konieczne jest ich prawidłowe ujęcie w księgach klienta. Przed rozpoczęciem księgowania każdego projektu współfinansowanego ze środków unijnych należy jednak sprawdzić zapisy umowy. Mogą one bowiem wymagać posiadania wyodrębnionej ewidencji dla projektu (np. w formie kont albo odpowiednich znaczników księgowań). Sposób księgowania powinien być zawarty w dokumentacji polityki rachunkowości. Oczywiście w momencie przygotowywania tego dokumentu nie istnieje możliwość zawarcia w niej wszelkich zdarzeń gospodarczych, które w danej jednostce gospodarczej mogą zaistnieć w przyszłości. Jeśli więc w późniejszym okresie w danym podmiocie wystąpią zdarzenia, dla których rozwiązania nie zostały w polityce rachunkowości przewidziane, należy wprowadzić zmiany w pisemnej formie aneksu. Zazwyczaj dostosowania wymagają głównie zapisy polityki rachunkowości prezentujące:
Jeśli z umowy o dofinansowanie wynika konieczność prowadzenia wyodrębnionej ewidencji dla projektu, beneficjenci prowadzący księgi rachunkowe mogą spełnić ten wymóg:
Ponadto w aneksie do polityki rachunkowości warto odnieść się do wymogu prowadzenia odrębnych rachunków bankowych i zapisać: „W przypadku realizacji projektów wymagających otwarcia rachunku bankowego operacje dotyczące projektu ujmuje się na odrębnym koncie syntetycznym 13x”.