Łączna liczba wykrytych dotychczas przypadków zakażenia przekroczyła 70 tys. Za aktywne uważa się obecnie 36 619 infekcji. Zmarło 658 osób. We wrześniu zanotowano więcej zgonów na Covid-19 niż w kwietniu, który dotąd był najbardziej tragicznym miesiącem pandemii w Czechach.
Koronawirus rozprzestrzenił się najbardziej w ostatnim tygodniu w regionie Uherske Hradisztie, gdzie zanotowano ponad 256 zakażeń na 100 tys. mieszkańców. Wysoki wskaźnik, przekraczający 210 na 100 tys. mieszkańców, jest także w powiecie Nachod, położonym przy granicy z Polską. Najniższy, 28 przypadków na 100 tys., jest w powiecie Czeska Lipa w kraju (województwie) libereckim na północy kraju, przy granicy z Polską i Niemcami.
Ministerstwo zdrowia podaje dane dotyczące zakażeń, zgonów i hospitalizacji z określonego dnia po godzinie 1 w nocy dnia następnego. Przedstawione w czwartek dane dotyczące środy mówiły początkowo o 1080 nowych przypadkach. Dopiero po usunięciu usterki systemu informatycznego, o której informowano rano, podano rzeczywiste wartości.
Po posiedzeniu centralnego sztabu kryzysowego jego przewodniczący, wicepremier i minister spraw wewnętrznych Jan Hamaczek poinformował w czwartek, że do pomocy służbom sanitarnym i higienicznym w ustalaniu kontaktów zakażonych będzie pomagać 200-250 policjantów. Hamaczek poinformował również, że w związku z rosnącą liczbą zakażonych w niektórych miejscowościach przygotowywane są rezerwowe łóżka dla poważniejszych przypadków Covid-19. Dotyczy to przede wszystkim Pragi.
Aby ograniczyć rozprzestrzenianie się koronawirusa i zapewnić funkcjonowanie systemu służby zdrowia, rząd zatwierdził w środę wprowadzenie od 5 października stanu wyjątkowego, który ma obowiązywać przez 30 dni. Do 18 października wprowadzono ograniczenia związane m.in. z funkcjonowaniem szkół, rekreacji, kultury, sportu.