Senat zaproponował do ustawy szereg poprawek, m.in. zakładającą rozszerzenie działu gospodarka złożami kopalin o nadzór nad podmiotami gospodarczymi prowadzącymi eksploatację kopalin; kolejna poprawka przywraca geologię jako część działu środowisko. Następna poprawka skreśla przepis przekazujący zadania ministra skarbu państwa na rzecz ministra energii.

Nowelizacja wprowadza trzy nowe działy: energia, gospodarka złożami kopalin oraz żegluga śródlądowa.