W raporcie Najwyższej Izby Kontroli, nad którym dyskutowała sejmowa komisja, wytknięto m.in. błędy w organizacji ochrony VIP-ów przez BOR, a MSWiA nieprawidłowy nadzór nad BOR w tym zakresie. Posłowie PiS wytykali kierownictwu MSW m.in. brak właściwego nadzoru nad Biurem.
NIK stwierdziła m.in., że BOR w ramach przeprowadzonego rekonesansu nie sprawdziło stanu bezpieczeństwa lotniska w Smoleńsku, bo - jak zauważyła Izba - nie ma przepisów obowiązujących do tego BOR. NIK oceniła też, że BOR nie zabezpieczało lotniska w Smoleńsku własnymi siłami i środkami, zdając się w tym zakresie w całości na stronę rosyjską i uznając, że ze względu na wojskowy charakter lotniska oraz siły i środki użyte przez służby rosyjskie, wszyscy funkcjonariusze grupy przygotowawczej Biura będą w pozostałych miejscach pobytu ochranianych osób.
Po zaprezentowaniu przez prezesa NIK Jacka Jezierskiego ustaleń raportu szef MSW poinformował, że "większość działań naprawczych" w BOR została zakończona na początku 2012 roku. "Odebrałem już meldunek od generała Janickiego (szefa BOR - PAP), że zostały one w pełni uwzględnione w marcu w ramach zmiany procedur i mechanizmów nadzoru" - powiedział.
Szef MSW poinformował posłów, że Departament Kontroli MSW w kwietniu rozpocznie kontrolę w BOR. "Nasza kontrola ma wskazać, czy te wnioski zostały właściwie zrealizowane. Kontrola wchodzi po świętach, w kwietniu. (...) Wnioski pokontrolne uznaliśmy za słuszne i właściwie zostały już zrealizowane. (...) W maju czy na początku czerwca będziemy już pewnie gotowi, żeby je państwu zaprezentować, jeżeli będzie taka potrzeba" - powiedział posłom szef MSW.
Według Adama Rogackiego (PiS) raport NIK pokazuje błędy wielu osób publicznych, które mimo to nadal pełnią swoje funkcje. "Raport pokazuje stan degrengolady państwa" - powiedział.
Inny poseł PiS Tomasz Kaczmarek pytał o szczegóły pracy funkcjonariuszy BOR w związku z przygotowaniem wizyty prezydenta Lecha Kaczyńskiego 10 kwietnia 2010 r. w Smoleńsku. Dopytywał o to, kiedy szef MSW zdymisjonuje szefa BOR Mariana Janickiego, który - jak mówił poseł PiS - był odpowiedzialny za życie prezydenta.
Kaczmarek przypomniał, że prokuratura przedstawiła zarzuty dotyczące organizacji wizyt premiera Donalda Tuska i prezydenta Lecha Kaczyńskiego w Katyniu w kwietniu 2010 r. b. wiceszefowi BOR gen. Pawłowi Bielawnemu. Pierwszy z zarzutów dotyczył niedopełnienia obowiązków, drugi poświadczenia nieprawdy w dokumentacji.
"O winie w Polsce orzeka sąd" - odpowiedział Cichocki. Przypomniał, że Bielawny w związku z zarzutami został odwołany ze stanowiska zastępcy szefa BOR i zawieszony w czynnościach służbowych.
Janicki ponownie zapewniał, że funkcjonariusze Biura należycie przygotowali wizytę prezydenta. Odpowiadając Kaczmarkowi, podkreślił, że w katastrofie smoleńskiej zginęło także dziewięciu funkcjonariuszy BOR. "W BOR przeszedłem wszelkie szczeble kariery. Jestem człowiekiem honoru" - powiedział.
Z kolei Zbigniew Sosnowski (PSL) podkreślił, że raport NIK odnosi się do lat 2005-2010. "Bądźmy ostrożni w kierowaniu zarzutów, kierujmy się obiektywizmem i rzetelnie oceniajmy całość działań" - apelował do posłów.
Jerzy Polaczek (PiS) domagał się zwołania zamkniętego posiedzenia komisji AiSW, na którym posłowie mogliby zapoznać się z niejawną częścią raportu NIK odnoszącą się do BOR-u. Jego wniosek nie został jednak poddany pod głosowanie.
Wcześniej szef NIK - prezentując raport - podkreślił, że ocena ogólna, jaką NIK wystawił każdej z kontrolowanych jednostek jest negatywna; wszędzie - w MON, MSZ, MSWiA, BOR i kancelarii premiera - wystąpiły mniejsze lub większe nieprawidłowości w przygotowywaniu lotów i wizyt VIP.
Te najpoważniejsze, według NIK, dotyczące 36. Specjalnego Pułku Lotnictwa Transportowego, Sił Powietrznych i MON, stwarzały nawet możliwość zagrożenia życia - MON powinien był więc zaalarmować władze o złym stanie sprzętowym i kadrowym w pułku. Wytknięto też błędy w organizacji ochrony VIP-ów przez BOR, MSWiA nieprawidłowy nadzór nad BOR w tym zakresie, zaś MSZ i KPRM - nieprawidłowości w koordynacji przygotowań.
W konkluzji Jezierski postulował, aby kwestię organizacji lotów oraz to, kto jest odpowiedzialny za te operacje, uregulowała ustawa, a nie - jak obecnie - dokument stosunkowo niskiej rangi, jakim jest porozumienie między kancelariami Sejmu, Senatu, prezydenta i premiera.