Sprawa jest bez precedensu. Polityka ściga prokuratura kontrolowana przez prezydenta Wiktora Janukowycza, który w 2004 był premierem i kandydatem Kuczmy w wyborach na głowę państwa. Po wybuchu pomarańczowej rewolucji jesienią 2004 r., w rozmowach okrągłego stołu z opozycją, Kuczma zdradził jednak swojego faworyta. Jedna z tez mówi o zemście Janukowycza na swoim dawnym protektorze.
– Kuczma jest podejrzany o nadużycie władzy, wydawanie nielegalnych poleceń kierownictwu ministerstwa spraw wewnętrznych, co doprowadziło do zamordowania dziennikarza – oświadczył w Kijowie zastępca prokuratora generalnego Renat Kuzmin. Dodał, że „materiał dowodowy w tej sprawie stanowią nagrania na taśmie magnetofonowej”.
Chodzi o tzw. taśmy Melnyczenki, byłego majora Służby Bezpieczeństwa i zarazem szefa ochrony Kuczmy. Zamontował on w gabinecie prezydenta aparaturę, która rejestrowała przebieg rozmów między najważniejszymi osobami w państwie. Jeszcze przed pomarańczową rewolucją w 2000 r. Mykoła Melnyczenko zbiegł z kraju i ujawnił swoje nagrania.
Na taśmach słychać, jak Kuczma knajackim językiem mówi, że należy pozbyć się Gongadzego. Słychać również głos ówczesnego szefa administracji prezydenta, a dzisiejszego szefa parlamentu (Werhownej Rady) Wołodymyra Łytwyna. Na nagraniach słychać głosy ówczesnego szefa Służby Bezpieczeństwa Ukrainy Leonida Derkacza i szefa MSW Jurija Krawczenki. Ten ostatni w marcu 2005 r. (tuż po uformowaniu się pomarańczowych rządów) popełnił samobójstwo.
Właśnie komórka wywiadowcza MSW miała zabić Gongadzego. Według ustaleń śledztwa były generał ukraińskiego MSW Ołeksij Pukacz kierował grupą oficerów milicji, którzy porwali dziennikarza. Obecnie trzech z nich odsiaduje długoletnie wyroki więzienia. Pukacz został zatrzymany w lipcu 2009 r. po sześciu latach poszukiwań. Miał on osobiście zamordować Gongadzego, dusząc go paskiem. Dziennikarz gazety internetowej „Ukraińska Prawda” zaginął we wrześniu 2000 r. Jego ciało bez głowy znaleziono pod Kijowem kilka miesięcy później.
Paradoksem jest to, że przed sąd Kuczmę postawi niebieska władza. Pomarańczowy prezydent Wiktor Juszczenko obejmował urząd pod hasłem całkowitego wyjaśnienia sprawy Gongadzego. Śledztwo było jednak rozczarowaniem. Prokuratura była oskarżana o ściganie płotek i pozostawianie w spokoju zleceniodawcy morderstwa – Kuczmy. Część analityków sugeruje, że amnezja wobec Kuczmy była częścią dealu ustalonego między nim a pomarańczowymi. Zwycięstwo pokojowej rewolucji najpewniej nie byłoby możliwe bez zapewnienia Kuczmie spokojnej politycznej emerytury.