Wybrany przez konklawe tydzień wcześniej, 16 października, kardynał Karol Wojtyła, rozpoczynając pontyfikat, zwrócił się do ludzi szukających Boga, a także do tych, którzy wątpią lub przeczą jego istnieniu, "aby uwierzyli słowom Piotra, że Chrystus obdarza miłością każdego człowieka, a wiara w Niego nadaje życiu sens". Podczas mszy inauguracyjnej papież przemawiał w kilku językach, między innymi po polsku, litewsku, ukraińsku, czesku i węgiersku. Stało się to tradycją jego pontyfikatu. Jan Paweł II był też pierwszym papieżem, który nie wsiadł do lektyki i odmówił koronacji, nie przyjmując tiary.
Na mszy pontyfikalnej byli obecni między innymi, prezydenci i premierzy wielu państw, król Hiszpanii Juan Carlos I, rodziny książęce oraz misje zagraniczne ze 106 państw i 15 organizacji międzynarodowych. Polskę reprezentowała delegacja z Henrykiem Jabłońskim, przewodniczącym Rady Państwa. Mszę transmitowało radio do 15 krajów europejskich, w tym do Polski, a także telewizja - na wszystkie kontynenty. Cały świat obserwował moment, gdy podczas oddania hołdu papieżowi, kardynał Stefan Wyszyński został serdecznie uściskany przez Jana Pawła II.
Pierwszy od ponad 450. lat biskup Rzymu nie pochodzący z Włoch, zasiadał na Stolicy Piotrowej blisko 27 lat. Jego pontyfikat, trzeci pod względem długości w dziejach, wywarł szczególny wpływ na losy Kościoła katolickiego i świata. Nazywany papieżem-pielgrzymem, odbył 104 podróże zagraniczne, odwiedzając 130 krajów. Spotykał się z ludźmi cierpiącymi głód i nędzę materialną i niestrudzenie docierał wszędzie tam, gdzie było łamane prawo człowieka do wolności i godnego życia.
Jan Paweł II przewodniczył blisko 200. uroczystościom beatyfikacyjnym i kanonizacyjnym, podczas których wyniósł na ołtarze ponad 1300 sług Bożych, wśród nich ponad 160. Polaków. Zwołał i przewodniczył 19. spotkaniom młodzieży z całego świata. Opublikował ponad sto różnych dokumentów. Jest autorem 14. encyklik, w tym pierwszej ekumenicznej zatytułowanej "Ut unum sint". Mianował 232. kardynałów, w tym 10. Polaków. Dziewięciokrotnie odwiedził ojczyznę, odbył też ponad 90 podróży po Włoszech.
Zmarł w 9666. dniu pontyfikatu. "Odszedł do domu Ojca" 2 kwietnia 2005 roku, o godzinie 21.37. W ostatnich dniach życia nieustannie towarzyszyli mu wierni z całego świata, śledząc wiadomości dochodzące z Watykanu oraz trwając w modlitwie w jego intencji.
Już podczas mszy pogrzebowej w Watykanie wierni skandowali i przynieśli transparenty z napisem: "Santo subito", to jest - "Święty natychmiast". Następca Jana Pawła II, Benedykt XVI przyspieszył rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego papieża Polaka. Po blisko 6 latach prac kongregacji kościelnych, zbadaniu tysięcy dokumentów i przesłuchaniu wielu świadków, 1 maja 2011 roku Jan Paweł II został beatyfikowany. Kongregacja do spraw Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów ogłosiła wtedy, że dniem wspomnienia liturgicznego błogosławionego będzie 22 października - data inauguracji pontyfikatu w 1978 roku. 27 kwietnia 2014 roku odbyła się kanonizacja papieża Polaka. Odtąd jest on świętym w Kościele katolickim.
W 2005 roku Sejm Rzeczypospolitej ustanowił 16 października Dniem Papieża Jana Pawła II. Obchodzimy także Dzień Papieski organizowany przez Fundację Dzieło Nowego Tysiąclecia. Przypada on w niedzielę poprzedzającą rocznicę wyboru Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową. W tym roku był to 11 października.
Papież Jan Paweł II często zajmował stanowisko w sprawie konfliktów politycznych i trudnych problemów społecznych. W 2003 roku apelował do światowych przywódców o pokojowe rozwiązanie sytuacji w Iraku, wysyłając z misją do Bagdadu kardynała Rogera Etchegaraya.
Po atakach terrorystycznych na Stany Zjednoczone 11 września 2001 roku, wielokrotnie zwracał się do chrześcijan, muzułmanów i wyznawców judaizmu o wspólne wysiłki na rzecz pokoju, prosząc o modlitwy o pokój i "uwolnienie świata od haniebnej zmory terroryzmu".
W 1997 roku zwrócił się do polityków i wojskowych, aby usunęli z arsenałów miny lądowe, które godzą głównie w ludność cywilną. W Irlandii wezwał członków IRA do odrzucenia przemocy, w Wielkiej Brytanii sprzeciwił się wojnie w Zatoce Perskiej, w publicznych wystąpieniach i katechezach apelował o pokój w byłej Jugosławii.
Co roku ogłaszał specjalne orędzie na Światowy Dzień Pokoju. Apelował i z determinacją upominał się o prawa człowieka i pokój na świecie. Kwestie te stały się między innymi tematem wystąpień papieża na forum Zgromadzenia Ogólnego Narodów Zjednoczonych w 1979 i 1995 roku. Jan Paweł II bronił wówczas uniwersalności praw człowieka i wezwał Narody Zjednoczone, by podjęły "ryzyko solidarności, a tym samym ryzyko pokoju".
Angażował się w działania na rzecz porozumienia między wyznawcami chrześcijaństwa, judaizmu oraz islamu. Jako pierwszy papież w historii Kościoła złożył wizytę w synagodze i w meczecie. Pierwszy odwiedził kościół protestancki i rozpoczął publiczny dialog głowy Kościoła katolickiego z muzułmanami. Doprowadził do trwałego pogodzenia z kościołem ormiańskim, po 1500 latach sporu na temat natury Chrystusa. Z inicjatywy papieża w 1986 roku doszło do bezprecedensowego w dziejach spotkania ekumenicznego w Asyżu. W 2000 roku złożył wizytę w Instytucie Pamięci Narodowej Yad Vashem i modlił się przy Ścianie Płaczu. Także w 2000 roku Jan Paweł II zwrócił się z historyczną prośbą o przebaczenie za błędy Kościoła. Z jego inicjatywy Watykan ogłosił jeden z najważniejszych dokumentów - "Pamięć i pojednanie".