Wojciechowski był dotąd europosłem PiS. W związku z objęciem funkcji w ETO będzie musiał złożyć mandat. W ostatnich wyborach do europarlamentu w 2014 r. drugi po Wojciechowskim najlepszy wynik na listach PiS w okręgu łódzkim zdobył obecny szef MSZ Witold Waszczykowski, który jest w związku z tym kandydatem do objęcia mandatu po nowym członku ETO.
Szef polskiej dyplomacji był w czwartek pytany przez TVN24 o możliwość objęcia mandatu po Wojciechowskim. "Jak do tej pory mnie nikt nie chce zwolnić z tego stanowiska, które zajmuję. Przede wszystkim chcę pogratulować Januszowi Wojciechowskiemu zaszczytnego nowego etapu w jego życiu i gratuluję. Będzie to na pewno dobrze wypełnione w służbie dla Polski" - powiedział.
Waszczykowski zapewnił, że dopóki ma w tej kwestii wybór, woli pozostać na piastowanym przez siebie obecnie stanowisku. Podkreślił również, że praca dla Polski, razem z polskim rządem i prezydentem jest dla niego zaszczytem.
Trzeci najwyższy wynik w okręgu łódzkim zdobyła w 2014 r. na liście PiS Urszula Krupa, która była już europosłanką w latach 2004-2009. Wcześniej, w latach 2001-2004, Krupa zasiadała w Sejmie z ramienia Ligi Polskich Rodzin. Z LPR odeszła w 2006 r.
Wojciechowski został 13 kwietnia negatywnie zaopiniowany w tajnym głosowaniu przez Parlament Europejski jako kandydat do ETO. Ostateczna decyzja w sprawie powołania członków Europejskiego Trybunału Obrachunkowego należy jednak do Rady UE, czyli przedstawicieli rządów państw członkowskich. Opinia europarlamentu nie jest dla nich wiążąca i Rada UE nie musi brać jej pod uwagę. Tak też się stało w przypadku Janusza Wojciechowskiego.
W Parlamencie Europejskim, w trakcie przesłuchania w komisji kontroli budżetowej, część eurodeputowanych wyrażała wątpliwości, czy polski kandydat, aktywny polityk, będzie niezależny i obiektywny po objęciu stanowiska unijnego audytora.
Europoseł Zielonych Igor Soltes ze Słowenii, który był sprawozdawcą PE w sprawie kandydatów do ETO, oświadczył wówczas po głosowaniu europarlamentu, że Janusz Wojciechowski "ma wprawdzie profesjonalne kompetencje", by zostać audytorem UE, ale "istnieją poważne obawy o jego polityczną niezależność, które nie zostały rozwiane podczas jego przesłuchania w komisji kontroli budżetowej".
Soltes wskazywał także, że istnieje konflikt interesów ze względu na obecną rolę Janusza Wojciechowskiego, który, jako wiceprzewodniczący komisji PE. ds. rolnictwa, "był odpowiedzialny za decydowanie w sprawie budżetów, które miałby nadzorować w ETO".
Europejski Trybunał Obrachunkowy sprawuje nadzór nad prawidłowym gospodarowaniem środkami unijnymi. Kontroluje dochody i wydatki Unii oraz każdą osobę i organizację, dysponującą unijnymi środkami.
Janusz Wojciechowski, ur. w 1954 r., jest prawnikiem, sędzią. W latach 1995-2001 był prezesem Najwyższej Izby Kontroli. W latach 2001 - 2004 był wicemarszałkiem Sejmu, zaś od 2004 r. jest posłem do Parlamentu Europejskiego.