Niemcow zginął od czterech kul w plecy na Dużym Kamiennym Moście w Moskwie. W jego kierunku padło około 7-8 strzałów z przejeżdżającego samochodu. Według niepotwierdzonych doniesień, w chwili zabójstwa z Niemcowem była kobieta, która przyjechała z Ukrainy. Została przewieziona na policyjne przesłuchanie.
Stołeczna policja wszczęła poszukiwania sprawców. Został wprowadzony policyjny plan o kryptonimie „przechwycenie”. Na miejsce zdarzenia przyjechali szef rosyjskiego MSW Władimir Kołokolcew i szef moskiewskiej policji generał Anatolij Jakunin. Prezydent Władimir Putin powiedział, że to zabójstwo wygląda na prowokację i polecił szefom tak zwanych resortów siłowych, by osobiście kontrolowali śledztwo.
Aleksiej Kudrin, były minister finansów Rosji powiedział, że zabójstwo Niemcowa jest straszną tragedią, którą trzeba za wszelką cenę wyjaśnić. Natomiast były premier i partyjny kolega Niemcowa, Michaił Kasjanow oświadczył, że zabójcy zapłaconą wysoką cenę za swój czyn.
Borys Niemcow w 1997 roku został ministrem paliw i energetyki, a potem wicepremierem. Był zaliczany do stronnictwa reformatorów w rosyjskim rządzie, gdy krajem kierował prezydent Borys Jelcyn. W okresie prezydentury Władimira Putina, Niemcow należał do liderów rosyjskiej opozycji. W trakcie pomarańczowej rewolucji na Ukrainie wspierał późniejszego prezydenta Wiktora Juszczenkę, a potem był jego doradcą.