Amerykanie podejrzewali, że był bojownikiem al-Kaidy i miał bliskie związki z Osamą bin Ladenem. On sam twierdził, że pracował w Afganistanie w organizacji dobroczynnej.
Początkowo Shaker Aamer był przesłuchiwany w bazie Bagram pod Kabulem, a od lutego 2002 roku był więźniem Guantanamo. Nie został nigdy postawiony w stan oskarżenia, a kwestia jego zwolnienia przeciągała się już od 8 lat.

Inny były brytyjski więzień Guantanamo Moazzam Begg powiedział BBC, że to dlatego, iż Aamer mógłby sprawić duże kłopoty brytyjskiemu wywiadowi i rządowi, bo - jak twierdził - podczas przesłuchań w Bagram wielokrotnie uderzano go głową o ścianę, podczas gdy agenci MI5 i MI6 przyglądali się temu i zadawali pytania.
Zwolnienia Shakera Aamera domagała się grupa brytyjskich posłów ze wszystkich partii, a kampanię poparcia koordynował prawicowy dziennik "Daily Mail". Przypuszczalnie po rozmowie z policją ostatni brytyjski więzień Guantanamo
zostanie zwolniony do domu, gdzie czekają na niego żona i czworo dzieci, w tym najmłodszy syn urodzony wkrótce po jego zatrzymaniu.