Wprowadzenie do zasad ogólnych prawa podatkowego zasady rozstrzygania wątpliwości prawnych na korzyść podatnika może się przyczynić do polepszenia jakości stosowania prawa podatkowego. Warto się jednak zastanowić, czy przepis ten w praktyce sporu z fiskusem daje wystarczające gwarancje ochrony praw podatnika (lub szerzej – strony postępowania).
Otóż w sporze z fiskusem równie problematyczne jak wątpliwości prawne są wątpliwości faktyczne. O ile te pierwsze można i należy już rozstrzygać na korzyść podatnika, o tyle ordynacja nie zawiera postanowień porządkujących kwestie dowodowe w zakresie tego, kto jest zobowiązany do udowodnienia określonych okoliczności, a także co robić, gdy w sprawie istnieją wątpliwości co do faktów. Z tego względu warto się zastanowić nad wprowadzeniem do ordynacji przepisów regulujących ciężar dowodu, powiązanych z zasadą rozstrzygania niedających się usunąć wątpliwości na korzyść strony postępowania.
W teorii w postępowaniu podatkowym nie ma stron toczących spór, jak w przypadku postępowania cywilnego czy karnego. Gospodarzem całego procesu jest organ podatkowy, który powinien zebrać cały materiał dowodowy i wszechstronnie go ocenić. Trudno więc mówić w takim przypadku o ciężarze dowodu. W praktyce jednak istnieje element sporny między organem a stroną (podatnikiem, płatnikiem). Wynika to m.in. ze wskaźników efektywności, jakie są narzucane pracownikom organów przez Ministerstwo Finansów. Organ jest zainteresowany ustaleniem nieprawidłowości, strona zaś – obroną swojej deklaracji podatkowej. Przepis stanowiący wprost, że ciężar dowodu istnieje po stronie organu, a niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego należy rozstrzygać na korzyść strony postępowania, dawałby podatnikom daleko idącą gwarancję ochrony ich praw. Wzorem mogą być regulacje postępowania karnego przewidującego domniemanie niewinności połączone z zasadą in dubio pro reo. W realiach sprawy podatkowej omawiane gwarancje powinny przybrać postać przepisów wprost stanowiących, że deklaracja złożona przez podatnika jest prawidłowa, dopóki organ podatkowy nie udowodni, iż jest inaczej, natomiast wszelkie wątpliwości faktyczne, których nie da się usunąć, należy tłumaczyć na korzyść strony postępowania, tj. na korzyść prawidłowości złożonej przez stronę postępowania deklaracji podatkowej. Taka regulacja, oprócz klauzuli in dubio pro tributario dotyczącej wykładni prawa, przyczyniłaby się niewątpliwie do wzmocnienia gwarancji procesowych podatnika.
Obecnie swoiste domniemanie prawidłowości deklaracji można wywodzić z art. 21 par. 3 ordynacji podatkowej oraz ogólnych reguł postępowania podatkowego nakładających na organ obowiązek ustalania prawdy obiektywnej. W praktyce jednak wiele obowiązków dowodowych przerzucanych jest na podatnika, który do końca nie wie, co ma udowodnić organ, a co on sam. W orzecznictwie wskazuje się, że podatnik powinien współpracować z organem przy ustalaniu stanu faktycznego, ale w realiach sporu z fiskusem traktowane jest to jako pretekst do zarzucania podatnikowi, iż nie udowodnił danej okoliczności, np. poniesienia kosztu, który ma pomniejszać przychód. W praktyce więc w znacznej mierze to podatnik jest obarczany koniecznością udowodnienia, że jego deklaracja podatkowa jest prawidłowa. Wprowadzenie klauzuli in dubio pro tributario również w aspekcie dowodowym (procesowym) przyczyniłoby się do lepszej ochrony praw i wolności. Sytuacja prawna podatników byłaby bardziej pewna, gdyby przepisy wprost rozstrzygały, na kim spoczywa ciężar wykazania, że deklaracja podatnika jest nieprawidłowa. Wątpliwości musiałyby być rozstrzygane na korzyść strony postępowania. W toku prac nad nową ordynacją podatkową lub kolejnymi nowelizacjami warto więc rozważyć usankcjonowanie zasady in dubio pro tributario również w aspekcie dowodowym.