W archikatedrze świętego Jana odbyła się niemal trzygodzinna msza pogrzebowa. W homilii obecny prymas, arcybiskup Józef Kowalczyk, wspominał, że zmarły był wierny swojemu biskupiemu zawołaniu "Przez sprawiedliwość do miłości". Kardynała Glempa opisywał jako kontynuatora dziedzictwa poprzedników: kardynałów Augusta Hlonda i Stefana Wyszyńskiego. Arcybiskup Kowalczyk podkreślał również rolę prymasa Glempa jako aktywnego uczestnika życia publicznego.
Przewodniczący mszy metropolita krakowski, kardynał Stanisław Dziwisz, wspominał zmarłego jako prymasa wielkich przełomów, który w trudnych czasach stawał po stronie narodu, dążącego do wolności. Kardynał Dziwisz mówił też, że prymas Józef Glemp z wielką roztropnością łagodził napięcia, umacniając w Polakach wiarę i nadzieję.
Arcybiskup Józef Michalik wspominał zmarłego jako osobę, która tak przeszła przez życie, że nie musiała się niczego wstydzić, ani czegokolwiek ukrywać. Był bowiem wierny własnemu sumieniu, prawom Boga i zaleceniom Kościoła.
Testament prymasa-seniora odczytał podczas mszy metropolita warszawski, kardynał Kazimierz Nycz. Zmarły dziękował między innymi za łaskę wiary katolickiej i jej skutki. To ona - jak wspominał - doprowadziła go, "niegodnego", do posługi prymasowskiej. I - jak dodawał - wierzył w Boga cały czas, "mimo słabości i grzeszności". Prymas Glemp dziękował swojemu poprzednikowi, kardynałowi Stefanowi Wyszyńskiemu, i Karolowi Wojtyle, który został papieżem Janem Pawłem II.
Po przeczytaniu listu kardynał Nycz osobiście podziękował prymasowi, między innymi za posługę metropolity warszawskiego, którą po nim przejął. Zmarłego wspominał jako "starszego, bardziej doświadczonego brata w biskupstwie", który wiele pomagał i radził, ale tylko wtedy gdy został o to poproszony.
Za posługę kapłańską podziękował kardynałowi Glempowi papież Benedykt XVI. List z Watykanu odczytał podczas mszy nuncjusz apostolski w Polsce, Celestino Migliore. "Osobiście ceniłem jego dobroć, prostotę i oddanie sprawie kościoła w Polsce i na świecie" - napisał w liście do wiernych papież. Przypomniał, że Józef Glemp kontynuował dzieło rozpoczęte przez prymasa kardynała Stefana Wyszyńskiego. Przez całe lata 80. działał w łączności z Janem Pawłem II i starał się być apostołem zgody, a nie konfrontacji - napisał Benedykt XVI.
We mszy uczestniczyło wielu polityków, w tym prezydent, marszałkowie Sejmu i Senatu, były prezydent Lech Wałęsa, oraz członkowie rządu. Podczas przemówienia w archikatedrze Bronisław Komorowski mówił, że kardynał Glemp dobrze zasłużył się Rzeczypospolitej. Był także prymasem okresu budowania Polski wolnej i demokratycznej - wspominał prezydent. Ponadto - jak dodał - zawsze racjonalnie i spokojnie oceniał sytuację, a w stanie wojennym pragnął ustrzec Polskę przed rozlewem krwi.
We mszy wzięło też udział liczne grono zagranicznych duchownych, w tym: metropolita Kolonii kardynał Joachim Meisner, arcybiskup Pragi i prymas Czech, kardynał Dominik Duka, metropolita Barcelony kardynał Lluis Martinez Sistach, czy metropolita Zagrzebia, kardynał Josip Bozanić.
Uroczystości pożegnania prymasa-seniora trwały od soboty. Wtedy w Kościele sióstr Wizytek została wystawiona trumna z jego ciałem. W niedzielę przeniesiono ją do Bazyliki Świętego Krzyża, a stamtąd w kondukcie żałobnym - do archikatedry na Starym Mieście.